摘要：
分子（英语：molecule）是能保持物质特有化学性质，且能独立存在的最小电中性粒子。分子一般由两个或更多原子通过共价键形成，但亦有学者认为由一个原子组成的稀有气体，也是分子，称为“单原子分子”。分子化合物（molecular compound）就是一种分子。...
分子（英语：molecule）是能保持物质特有化学性质，且能独立存在的最小电中性粒子。分子一般由两个或更多原子通过共价键形成，但亦有学者认为由一个原子组成的稀有气体，也是分子，称为“单原子分子”。分子化合物（molecular compound）就是一种分子。
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分子轨道理论（英语：Molecular orbital theory），简称MO理论，是处理双原子分子及多原子分子结构的一种有效的近似方法，是化学键理论的重要内容。它与价键理论不同，后者着重于用原子轨道的重组杂化成键来理解化学，而前者则注重于分子轨道的了解，即认为分子中的电子围绕整个分子运动。。
fen zi gui dao li lun （ ying yu ： M o l e c u l a r o r b i t a l t h e o r y ） ， jian cheng M O li lun ， shi chu li shuang yuan zi fen zi ji duo yuan zi fen zi jie gou de yi zhong you xiao de jin si fang fa ， shi hua xue jian li lun de zhong yao nei rong 。 ta yu jia jian li lun bu tong ， hou zhe zhe zhong yu yong yuan zi gui dao de zhong zu za hua cheng jian lai li jie hua xue ， er qian zhe ze zhu zhong yu fen zi gui dao de le jie ， ji ren wei fen zi zhong de dian zi wei rao zheng ge fen zi yun dong 。 。
三原子分子是指由三个原子组成的分子。三原子分子可能是化合物，也可能是单质。典型的三原子化合物包括H2O、CO2和HCN等等。 同核的三原子分子由同样的三个原子组成。臭氧（O3）及其类似物三硫（S3）是同核三原子分子的例子；三原子氢也是，但它很不稳定，会瞬间分解成较稳定且对称的三氢阳离子（H3+）。。
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双原子分子指所有由两个原子组成的分子。双原子分子內的化学键通常是共价键。 很多非金属元素（包括氢、氮、氧、氟、氯、溴、碘等）的单质均是双原子分子。其他元素（如磷）也可能以双原子分子构成单质，但这些双原子分子並不稳定。这些构成单质的双原子分子称为同核双原子分子。其中，氮和氧的同核双原子分子佔地球大气层成份的。
原子分子与光物理学是研究物质之间，或光与物质的相互作用， 其研究尺度约一至数个原子，能量尺度约几个电子伏特。 这三个物理学的领域研究通常是紧密关联的。 原子分子与光物理学使用经典物理学、半经典物理学、与量子物理学的研究方法。 通常情况下，此理论的应用包含原子发射或吸收光子、激发态原子和分子。
分子是决定物质性质的最小微元，分子是由原子构成的。阿伏伽德罗所做出的修正划清了分子和原子概念间的区别，并与道尔顿的原子理论形成了解释物质微观构成的原子—分子学说。 道尔顿的原子理论并没有涉及到原子本身结构的讨论。有关原子本身结构的现代原子理论模型，直到基本粒子被发现以及量子的概念被引入后才被逐步建立。。
分子结构，或称分子立体结构、分子形状、分子几何、分子几何构型，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态、颜色、磁性和生物活性（英语：Biological activity）。 分子结构最好在接近绝对零度的温度下测定，因为随着温度。
分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动，是一种多体模拟方法。通过对分子、原子在一定时间内运动状态的模拟，从而以动态观点考察系统随时间演化的行为。通常，分子、原子的轨迹是通过数值求解牛顿运动方程得到，势能（或其对笛卡尔坐标的一阶偏导数，即力）通常可以由分子。
由带负电荷的粒子如µ-或π-、K-替换原子中的一个或多个电子组成的奇异原子就称为µ子原子、π介子原子、K介子原子等。由带负电荷的粒子替换原子中的一个或多个电子可以组成奇异原子。包含µ-的µ子原子，包含π-、K-等介子的π介子原子、K介子原子（介原子mesonic atom），包含反质子p的反质子原子（antiprotonic。
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表示分子中，原子与原子间结合情形的化学式为结构式。 结构式可以表明分子內原子的种类、数目及合情形的化学式，但不能表示三度空间的立体结构(分子形状)。 结构式中连接原子与原子之间短线代表原子与原子之间的化学键。 例如： 甲烷（CH4）的结构式是碳前后左右四个方向各接一个氢，看似平面上的正方形。不过甲烷分子。
原子数或原子数目、原子个数（Number of Atoms），是由分子中，特定原子的数目，在化学式中写在元素符号的右下角。例如，氧分子（O2）是由二个氧原子组成，因此其氧分子的原子数为2。 若以原子数的基础，可以將分子分类为以下几种： 单原子气体：由一个原子构成，例如：氦 He、氖 Ne、氬 Ar、氪。
原子半径通常指原子的尺寸，并不是一个精确的物理量，并且在不同的环境下数值也不同。 一个特定的原子的半径值和所选用的原子半径的定义相关，而在不同的环境下给原子半径不同定义比统一的定义更合适。 术语原子半径本身就有疑问：可能指一个自由原子的尺寸，或者可能用作原子（包括分子中的原子和自由原子。
分子振动是指分子內原子间进行的周期性来回运动，而不包含分子的移动和转动。这种周期性的运动频率称为振动频率。在光谱学上常用红外吸收光谱法与拉曼光谱学来测量分子的振动频率，並用来分析分子结构。 一个拥有 n 个原子的非线性分子有 3n − 6 个振动正交模（英语：Normal mode）（vibrational。
分子轨域通常由分子中的个別原子提供的原子轨域、混成轨域，或者其他原子团的分子轨域结合而成。这些可以由哈特里－福克方程或自洽场方法（SCF）量化计算。 分子轨域可以用来表示分子中佔有该轨域的电子可能出现的区域。分子轨域由原子轨域结合而成，其中原子轨域预测了原子中电子的位置。分子轨域可以具体说明分子。
分子中的原子理论（Atoms in molecules，简称AIM）是量子化学的一个模型。它基于电子密度（英语：electron density）标量场的拓扑性质来描述分子中的成键。除了成键性质之外，AIM 还根据拓扑性质对全空间进行划分，每个区域内正好包含一个原子核，这种区域给出了量子化学上定义原。
角形分子构型是分子结构中的一种，可以用来描述三个原子的分子，三个原子之间形成二个键，但所有原子不处在一条直线上，因此有不为180度的键角。 角形分子构型可能是由四面体形分子构型衍生而来，只是键结的二个原子改为孤对电子，理想的键角为109.5°，不过也常出现105°、107°及109°的键角。角形分子。
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反原子论（Opposition to atomic theory）是指原子理论发展过程中出现的反对观点。 19 世纪下半叶确立了原子和分子的现代定义，科学家们认为原子是元素的基本粒子，分子是原子的聚集体。 标志性事件是 1860 年在德国举行的卡尔斯鲁厄大会，这是第一届国际化学家大会，会议中建立化学学科的诸多标准。。
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杂原子是指有机化合物中，除了碳和氢以外的其他原子。一般指在分子骨架（特别是环系）中替换碳的原子。氮、氧、硫、磷、硼、氯、溴、碘等都是常见的杂原子。。若有机化合物中有包括杂原子的环，称为杂环化合物。 在描述蛋白质结构时，特別在蛋白质资料库（英语：Protein Data Bank (file。
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原子集团”：比如OH-、CO32-、SO42-等，常常作为一个整体参加反应，这样的原子集团称为 多原子离子（polyatomic ion）或 分子离子（molecular ion）；旧的文献常不精确地称 原子团（atomic group）、根（radical）或 基团。 多原子离子也有化合价。。
原子分子动力学（all atom molecular dynamics，AAMD）取代。诸如AAMD这样的分子力学（molecular mechanics，MM）通过力场（force field）定义模拟过程中分子内内外相互作用力，根据原子。
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